Karja mõis (saksa k Karrishof) pärineb keskajast, mil ta oli suuri Karja kihelkonna alasid hõlmav piiskopi ametimõis. Mõisat on esmamainitud 1558. aastal.

Kuni 18. sajandi lõpuni oli mõis riigi omanduses; hiljem kuulus ta nii von Derfeldenitele kui ka von Samsonitele. Alates 1873. aastast kuni 1919. aasta võõrandamiseni oli mõis von Sengbuschide aadliperekonna valduses, mõisa viimane omanik oli Konrad von Sengbusch.

Mõisa peahoone on otstest kahekorruseline, keskelt ühekorruseline. Ühekorruseline puitosa on kahekorruselistest kiviotstest vanem. Hoone tagaküljel on klassitsistlik sammastele toetuv katusealune. Tõenäoliselt on hoone enamik osi ehitatud siiski 19. sajandi jooksul, mil ta oli eravalduses olev rüütlimõis. Samas võib keskosa pärineda ka 18. sajandi lõpust, millele viitavad tollal levinud paarisaknad. Vasakpoolne kahekorruseline ots lisati hoonele igatahes 20. sajandil.

1920-30ndatel aastatel oli mõisahoones kodumajanduskool, Teise maailmasõja ajal aga haigla. Sõja järel oli hoones katsepunkt ning sovhoosikontor. Praegu tegutseb hoones Karja teabetuba. Säilinud on ka mitmeid kõrvalhooneid, enamikus küll ümber ehitatud kujul.

Saaremaale Karja kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Leisi valla territooriumile.