Ajaloolisele Harjumaale (Harrien) kuulunud kihelkonnas paiknes 16 mõisat - 1 kirikumõis, 9 rüütlimõisast peamõisat koos 4 kõrvalmõisaga ning 2 poolmõisat. Sellele lisandus 8 karjamõisat.     Harju-Jaani kirikumõis (Pastorat
    St. Johannis)
    Anija (Annia) rüütlimõis
    Aruküla (Arroküll) rüütlimõis
    Haljava (Hallinap) rüütlimõis
    Kambi (Kampen) Raasiku kõrvalmõis
    Kaserahu (Birkenruh) poolmõis
    Kaunissaare (Kaunisaar) poolmõis
    Kehra (Kedder) rüütlimõis
    Kiviloo (Fegefeuer) rüütlimõis
    Läti (Lisettenhof) Raasiku kõrvalmõis
    Paasiku (Pasik) rüütlimõis
    Peningi (Penningby) rüütlimõis
    Perila (Pergel) rüütlimõis
    Raasiku (Rasik) rüütlimõis
    Rätla (Rettel) Perila kõrvalmõis
    Võhmuta (Wechmuth) Peningi kõrvalmõis

Tekkelugu. Harju-Jaani kirikukihelkond moodustati arvatavasti 13. sajandi lõpus Jõelähtme kihelkonna kagupoolsetest hõreda asustusega aladest. Muinasajal ulatus sinna arvatavasti Repeli muinaskihelkonna lõunaserv.

Asukoht kaasaegse haldusjaotuses. Kihelkond paikneb tervikuna kaasaegse Harjumaa aladel. Enamik kihelkonna aladest jaguneb Raasiku ja Anija valdade vahel, vastavalt siis läänes ja idas. Kihelkonna väike põhjanurk Haljava mõisa ümbrkonnas kuulub lisaks Jõelähtme vallale.